NCFF var forankret både øst og vest for Storebælt på henholdsvis Københavns Universitet og Aarhus Universitet. Der var tale om ét center, og alle initiativer blev besluttet og koordineret mellem de to centerhalvdele. Størstedelen af initiativerne var fælles, men der blev også initieret lokale initiativer. Det danske kontaktpunkt for Det Europæiske Center for Moderne Sprog (ECML) blev indlejret i NCFF. 

Centrets bevilling fra Uddannelses- og Forskningsministeriet samt Børne- og Undervisningsministeriet på samlet ca. 100 mio. kr. løb til udgangen af 2025.

NCFF's daglige ledelse blev varetaget af to centerledere, hhv. Hanne Wacher Kjærgaard (Vest) og Mette Skovgaard Andersen (Øst), som refererede til en styregruppe.

NCFF’s advisory board repræsenterede et bredt udsnit af interessenter og bidrog med input til centrets virke. 

Der blev derudover nedsat en ministerielt udpeget følgegruppe, der skulle følge Strategi for styrkelse af fremmedsprog i uddannelsessystemet og gøre årlig status over udviklingen inden for sprogområdet. Følgegruppen blev nedlagt i foråret 2023. Følgegruppens Statusrapport 2011 blev offentliggjort i august 2022.